Jaskyne Craighead majú, čo sa týka strácania sa a nájdenia, pomerne pôsobivú históriu. Prvý známy prípad sa v týchto jaskyniach hlboko v horách Great Smoky Mountains na východe Tennessee udial pred najmenej 20 000 rokmi. Bolo to počas poslednej ľadovej doby v pleistocéne. V tom období boli Grónsko, Kanada a časti Severnej Ameriky pochované pod ľadovcovou pokrývkou. Dinosaury boli už dávno minulosťou, keďže vyhynuli na konci kriedy pred 66 miliónmi rokov. Po Zemi sa však preháňali rôzne obrovské cicavce, napríklad mamuty srstnaté, tigre šabľozubé, jelene obrovské a glyptodony, pásavce veľké ako auto. Aj ich éra sa však chýlila ku koncu.
Medzi nadmerne veľkými zvieratami, ktoré nemali prežiť koniec pleistocénu, bol aj druh Panthera onca augusta, obrovský jaguár, predchodca dnešných jaguárov, ktorý žil len v Severnej Amerike a rozhodne aj v oblasti dnešného Tennessee. Asi 10 000 rokov pred svojím vyhynutím sa jeden zástupca tohto druhu dostal až k jaskyniam Craighead. Možno sa chcel vyhnúť predátorovi, alebo len hľadal útočisko. Tak či onak, išiel čoraz hlbšie do jaskýň, až sa napokon zrejme stratil a padol do pukliny. Odtlačky láb tohto nešťastného tvora našli spolu s jeho takmer kompletnou kostrou v roku 1939. Exemplár je súčasťou trvalej výstavy Amerického múzea prírodnej histórie v New Yorku, zatiaľ čo sadrové odliatky stôp sú vystavené v návštevníckom centre pri jaskyniach Craighead.
Jaskyne si však vyslúžili svoju neslávne známu povesť ešte pred týmto objavom. Prví bieli osadníci, ktorí sem prišli v 20. rokoch 19. storočia, využívali miesto v srdci územia Čerokiov na uskladnenie potravín. Okrem toho tu konfederačná armáda počas americkej občianskej vojny ťažila liadok, hlavnú zložku pušného prachu. Chladné priestory jaskýň, skryté pred zrakmi zvedavcov, využívali aj výrobcovia nelegálneho alkoholu, ktorí v temných zákutiach pod zemou skladovali moonshine – načierno pálenú whisky z kukurice, jačmeňa a raže, ktorá je takpovediac apalačskou špecialitou. V rámci prvých pokusov o sprístupnenie týchto priestorov verejnosti postavili v jaskyniach tanečný parket aj arénu pre kohútie zápasy.
No najväčšiu slávu jaskyniam priniesol kus pradávnej histórie, ktorý bol veru stratený a zabudnutý poriadne dlhý čas: celé stratené more. Až do obdobia pred asi 65 miliónmi rokov sa celý dnešný štát Tennessee nachádzal pod hladinou oceánu. Pohyby zemskej kôry však vyzdvihli oceánske dno na povrch aj s vrstvami vápenca – usadenej horniny, ktorú tvoria schránky uhynutých morských živočíchov. Časom začala cez túto mäkkú horninu presakovať povrchová voda a pred približne 20 000 rokmi vznikla v hĺbke 43 m pod povrchom jaskyňa s krištáľovo čistým jazerom. Toto stratené podzemné more čakalo až do roku 1905, kým ho niekto objaví. Nuž a ten niekto bol Ben Sands, trinásťročný chlapec, ktorý jaskyne skúmal už predtým so svojím otcom. Jedného dňa však sám preliezol cez 90 m dlhú chodbu v skalách a dostal sa až do siene, v ktorej sa podľa všetkého nachádzalo obrovské jazero. Začal okolo seba hádzať kamene a hrudy hliny, no odvšadiaľ sa ozýval len šplechot. Vtedy ešte netušil, že objavil najväčšie podzemné jazero v Amerike, ktoré sa dodnes nepodarilo celé zmapovať a potápači stále nedosiahli na jeho dno. V súčasnosti je preskúmaných približne 5 hektárov Strateného mora a môžeme len hádať, aká veľká časť sa pred nami ešte skrýva. V roku 1965 však jaskyne ako atrakciu sprístupnili verejnosti, vybudovali nové vchody, zariadenia a osadili prehľadné značky. Kedysi stratený jaskynný komplex s podzemným morom tak už vieme nájsť naozaj ľahko.
