Kostol San Agustin, postavený v administratívnom centre španielskej vlády, bol navrhnutý podľa plánov schválených mexickou kráľovskou audenciou a kráľovským dekrétom.
Kostol postavil Juan Macias v roku 1586 a dokončený bol v roku 1607. V roku 1854 bol zrekonštruovaný. Vo vnútri bola inštalovaná výkladová kazateľnica a oltár bol ozdobený pôvodnou flórou a ananásmi ako dekoratívnymi motívmi. Slúžil na niekoľko účelov – ako prvé náboženské centrum novej španielskej koloniálnej výspy na Filipínach.
Manila bola počas druhej svetovej vojny vážne poškodená. Opevnené mesto, ktoré bolo administratívnym centrom španielskeho režimu, bolo poškodené na 70 %. Šťastnou náhodou však bol najdôležitejší kostol v regióne a najstarší na Luzone ušetrený a stojí dodnes.
