Bazilika Panagia Limeniotissa bola postavená na začiatku 5. storočia, keď bol Cyprus súčasťou Byzantskej ríše. Pôvodne kostol pozostával z troch lodí s dvoma radmi mramorových stĺpov, apsidy a predsiene. Podlahy a steny kostola boli zdobené geometrickými mozaikami. Dnes si návštevníci môžu pozrieť stĺpy a zvyšky mozaiky.
Bazilika bola takmer zničená počas arabských nájazdov v roku 653. Útočníci kostol využívali ako dielne, stajne a obytné priestory pre vojenskú posádku, ktorá tu bola prítomná, na niektorých stĺpoch sú dodnes nápisy v arabčine.
Potom, v roku 688, Arabi opustili Cyprus a kostol bol obnovený ako trojloďová bazilika so súdkovitou klenbou – hoci v menšom rozsahu ako predtým.
V roku 1159 bola bazilika opäť zničená, tentoraz zemetrasením. V nasledujúcich rokoch bola na jej troskách postavená menšia stavba, ale aj tú zničilo zemetrasenie v roku 1222.
Na kostol sa potom zabudlo a bol ponechaný napospas skaze. Dlhé roky nebolo známe presné miesto, kde sa bazilika nachádzala, Panagia Limeniotissa bola prvýkrát objavená v roku 1937 a oficiálne vykopávky sa uskutočnili v roku 1959.
