Hoci tento malý arménsky kostolík existuje už od roku 1264, väčšinu svojej dlhej a zvláštnej histórie bol stratený, zabudnutý alebo neviditeľný.
Prvýkrát sa kostolík stratil v roku 1695, keď bola k západnej strane pôvodného stredovekého kostola pristavená trojloďová tufová kamenná bazilika s názvom Katoghike Church. Časom sa starý kostol plne začlenil do novej baziliky a nakoniec sa na malý historický skvost vo vnútri komplexu úplne zabudlo.
O niekoľko storočí neskôr, v roku 1936, sovietska vláda nariadila zbúranie baziliky a pri tomto procese bol kostolík z 13. storočia odkrytý. Protesty verejnosti a archeológov viedli úrady k tomu, aby zmenili postup a umožnili zachovanie pôvodnej stavby v blízkosti významného nárožia Jerevanu. Ďalší výskum odhalil, že kostol sa pôvodne volal Kostol svätého Atsvatsatsina a je jednou z mála stavieb, ktoré prežili veľké zemetrasenie, ktoré zničilo mesto v 17. storočí, čo z neho pravdepodobne robí najstarší zachovaný kostol v arménskom hlavnom meste.
Sovietskym úradom sa však tento dobre viditeľný Boží dom stále nepáčil, a tak okolo neho postavili jazykovedný inštitút, ktorý kostolík úplne zakryl pred zrakmi, a to napriek tomu, že sa nachádza na rohu dvoch rušných ulíc. Celé desaťročia stál ignorovaný a zabudnutý, skrytý pred mestským životom, ktorý sa odohrával len pár metrov od neho.
Po rozpade ZSSR a skončení obmedzení náboženstva bol stredoveký kostolík znovuobjavený – a znovu otvorený, pričom si ponechal názov Katoghike Church. Nakoniec bol jazykovedný ústav, ktorý kostol obklopoval, zbúraný a dnes je stavba z 13. storočia obklopená parkom a opäť dobre viditeľná pre všetkých, ktorí prechádzajú okolo, aj keď trochu zatienená väčším, moderným kostolom svätej Anny, ktorý bol neskôr postavený hneď za ním.
