Francúz, ktorý v 16. storočí navštívil Konštantínopol (dnešný Istanbul), počul zvláštne príbehy o miestnych obyvateľoch, ktorí z otvorov vo svojich pivniciach vyťahovali čerstvú vodu a dokonca lovili ryby. Príbehy spolu s legendami o veľkých podzemných chrámoch ho zaujali natoľko, že sa rozhodol preskúmať, čo sa pod mestom skrýva.
Pri ďalšom pátraní objavil podzemný div – najväčšiu z dávno zabudnutých palácových cisterien Byzantskej ríše. V umelom sladkovodnom jazere veľkom približne ako dve futbalové ihriská plávali ryby a tehlové klenby podopieralo 336 stĺpov vysokých asi deväť metrov; časť architektonických prvkov pochádzala zo starších rímskych stavieb.
Pozoruhodne zachovanú cisternu napriek stáročiam konfliktov a obliehaní dal v roku 532 vybudovať byzantský cisár Justinián I. ako zásobáreň čerstvej vody pre palác a okolité budovy. V turečtine je známa aj ako Yerebatan Sarayı, „Potopený palác“, a názov Baziliková cisterna získala podľa starovekej baziliky, ktorá kedysi stála na tomto mieste.
Keď Justinián začal s výstavbou cisterny, Konštantínopol sa stále spamätával z ničivého povstania Níká, ktoré vypuklo v januári toho istého roka. Byzantská obdoba futbalových výtržností, ktoré sa úplne vymkli spod kontroly, nasledovala po ostro sledovaných pretekoch vozov a vyústila do vypálenia veľkej časti cisárskeho mesta a smrti približne 30 000 povstalcov pri zásahu Justiniánových vojsk. Cisterna vznikla ako súčasť obnovy mesta po tejto katastrofe.
V minulosti si návštevníci mohli prenajať čln a plaviť sa popri stĺpoch v kvapkajúcom prítmí. Pri obnove koncom 80. rokov 20. storočia odstránili nánosy z dna, pribudlo osvetlenie, vyvýšené chodníky a kaviareň pre návštevníkov. V dnes už plytkej vode stále plávajú ryby, ktoré pomáhajú udržiavať vodu čistú.
Dve obrovské hlavy Gorgóny použité ako podstavce stĺpov na vzdialenom konci cisterny zostávajú jednou z jej najväčších záhad. Predpokladá sa, že mohli pochádzať zo staršieho pohanského chrámu, kde sa motív slávnej Gorgóny Medúzy používal ako ochranný symbol. Umiestnenie oboch tvárí – jednej obrátenej hore nohami a druhej nabok – mohlo byť zámerným prejavom moci novej kresťanskej ríše. Rovnako však mohlo ísť jednoducho o kamenné bloky vhodných rozmerov.
