Mayské ruiny Lubaantunu majú za sebou nešťastnú „novodobú“ históriu. Ruiny opísal v roku 1903 Thomas Gann. Keď sa na lokalitu v roku 1924 vrátil, pri hľadaní nálezov neváhal používať dynamit. Takýto spôsob „výskumu“ poškodil viaceré časti areálu a zároveň skomplikoval prácu archeológom, ktorí prišli neskôr.
V rokoch 1926 a 1927 tu pod záštitou Britského múzea pracoval tím vedený T. A. Joyceom, ktorý lokalitu mapoval a vykonával vykopávky. Gann sa sem však v roku 1924 vrátil aj s dobrodruhom F. A. Mitchell-Hedgesom. Jeho adoptívna dcéra Anna Mitchell-Hedges neskôr tvrdila, že práve počas tejto výpravy našla slávnu krištáľovú lebku. Príbeh je pútavý, no chýbajú mu dobové dôkazy. Neexistuje spoľahlivý záznam, že by Anna bola pri vykopávkach prítomná, a nález nespomínajú ani oficiálne správy výpravy.
Okolo lebky sa neskôr rozvinuli tvrdenia, že technológia jej opracovania mala presahovať možnosti Mayov. Objavili sa aj mimozemské teórie, ktoré pomohli vytvoriť populárny obraz krištáľových lebiek a neskôr sa odrazili aj vo filme Indiana Jones a Kráľovstvo krištáľovej lebky. Oveľa triezvejšie vysvetlenie ju považuje za novodobý výrobok; doložená história predmetu vedie k londýnskemu obchodníkovi Sydney Burneymu a k aukcii Sotheby’s v roku 1943, kde ju kúpil F. A. Mitchell-Hedges. V Belize sa napriek tomu objavujú hlasy, že by sa lebka mala vrátiť do Lubaantunu.
Mitchell-Hedgesovu krištáľovú lebku dnes vlastní a opatruje Bill Homann, ktorý ju prevzal po smrti Anny Mitchell-Hedges v roku 2007.
Hoci príbeh krištáľovej lebky zatienil veľkú časť publicity okolo Lubaantunu, archeologicky sú omnoho dôležitejšie skutočné nálezy z lokality. Výpravy zachránili množstvo keramiky a ďalších predmetov a dodnes tu možno vidieť fragmenty keramiky, zubov a nástrojov, ktoré pripomínajú každodenný život obyvateľov dávneho mayského mesta.
