V 4. storočí n. l. dal ninivský kráľ Senchareb postaviť tento kláštor ako akt pokánia za to, že zabil svojho syna Behnama a dcéru Sáru za to, že konvertovali na kresťanstvo.
Behnam bol nakoniec svätorečený, odtiaľ pochádza titul Mar, čo je v asýrskom jazyku titul svätosti. Jeho a Sáry telá boli pochované v krypte v kláštore. Miesto sa rýchlo stalo majákom pre kresťanských pútnikov v celom regióne.
V dôsledku toho kláštor prilákal niekoľko umelcov, ktorí prispeli maľbami, basreliéfmi a sochami do zbierky artefaktov na tomto mieste. Čím prestížnejším sa kláštor stával, tým viac pútnikov priťahoval. Priťahoval aj hnev iných skupín v celom regióne.
Najmä Nader Šáh sa v 18. storočí zameral na kláštor kvôli jeho významu pre kresťanstvo. Kláštor, hoci poškodený, prežil. V nasledujúcich rokoch sa uskutočnilo niekoľko rekonštrukcií v snahe zachovať neoceniteľné umelecké a architektonické diela kláštora.
Historické väzby tohto miesta nedávno upútali pozornosť teroristických organizácií, ako je napríklad skupina Islamský štát. V roku 2015 táto skupina umiestnila v okolí kláštora 19 bômb v snahe zničiť ho. Nepodarilo sa ich však odpáliť, okrem niekoľkých bômb nastražených v blízkosti, ktoré kláštor poškodili.
Žiaľ, zdá sa, že hrobky Behnama a Sáry boli zničené, ale kláštor prežil. V súčasnosti prebiehajú rozsiahle práce na záchrane toho, čo sa dá zachrániť, na oprave toho, čo sa dá opraviť, a na obnove toho, čo bolo zničené.
