V 16. storočí Hernán Cortés – dobyvateľ Tenochtitlánu a prvý guvernér Mexika – nariadil postaviť na okraji hlavného mesta Nového Španielska sériu siedmich malých kaplniek. Kostolíky mali slúžiť cestujúcim ako miesto modlitby na ceste do mesta a z mesta, pričom vychádzali zo stredovekej tradície zo Španielska.
Stavba bola napokon postavená koncom 18. storočia. Kostol s dĺžkou 9 metrov a šírkou 4 metrov bol navrhnutý skôr ako miniatúrna verzia katedrály než malá kaplnka, do ktorej sa zmestí až 20 ľudí. To, čo mu chýba na veľkosti, vynahradzujú zdobené detaily. Kostol odráža barokový štýl Churrigueresque. Interiér je pokrytý talaverou, typom keramiky, ktorá sa vyznačuje zložitými vzormi modrej a bielej vegetácie.
V tom čase pozdĺž severnej strany kostola viedol vodný kanál La Merced, čo vysvetľuje lichobežníkový tvar budovy a diagonálnu ulicu. Kostol navštevovali zlodeji a prostitútky, ktorí boli v oblasti rozšírení a hľadali odpustenie za svoje hriechy – táto prax dosiahla vrchol v 40. rokoch 20. storočia. Údajne sa zlodeji zdržiavali páchania krádeží v ten istý deň, keď navštívili kostol.
