Pevnosť IX v Kaunas slúžila dvom okupačným mocnostiam. Cárske Rusko postavilo baštu ako pevnosť, ktorá slúžila na obranu ruských hraníc na Západe, a Sovietsky zväz využíval pevnosť ako prechodnú stanicu do Gulagu. Sovieti však pevnosť ovládali len jeden rok, kým nacisti v roku 1941 nenapadli Litvu a nerozprášili sovietske vojská späť k hraniciam.

Na prelome storočí v Kaunase prekvitala židovská komunita. Zo 75 000 obyvateľov mesta tvorili ⅓ Židia a mesto bolo považované za kultúrne a vzdelávacie hlavné mesto židovského sveta. Pred druhou svetovou vojnou žilo v Litve 220 000 Židov, čo predstavovalo veľmi významnú časť obyvateľstva.

Žiaľ, nacistická okupácia pevnosti Fort IX priniesla komunite tragédiu. V Kaunas bolo zriadené geto, v ktorom sa nakoniec nachádzalo 40 000 Židov. Počas celej vojny sa podarilo utiecť len 500 Židom, z ktorých mnohí vstúpili do armády, aby bojovali proti nacistom v južnej Litve.

Hneď po obsadení sa pevnosť využívala na masové popravy litovských a nemeckých Židov. V roku 1941 sa v lese za pevnosťou uskutočnila prvá masová poprava nemeckých Židov. Zverstvá pokračovali aj počas vojny a v pevnosti IX v Kaunase bolo zavraždených 35 000 až 50 000 Židov. Mnohí z nich boli uložení do neoznačených hrobov, ktoré si museli sami vykopať. V kaunaskom gete zahynulo aj 2 000 Židov, keď ho nacisti v roku 1944 zničili výbušninami, pretože strácali pôdu pod nohami.

V roku 1958 bol na poli za pevnosťou Fort IX umiestnený malý pamätník, ktorý pripomína hrozné straty židovských životov v Litve a Kaunas. Žiaľ, trvalo ďalších 33 rokov, kým bol postavený súčasný pamätník. V roku 1991 zvyšná židovská komunita v Kaunas odhalila tri masívne stély, ktoré navrhol Alfonsas Ambraziūnas. V súčasnosti žije v celej Litve 3 200 Židov.